1853).
Mimo że Maria była oficjalną głową państwa, Ferdynand był zawsze obecnym i aktywnym politykiem oraz głównym doradcą monarchini. Samodzielnie, jako regent sprawował rządy czterokrotnie: dwukrotnie podczas ciąży królowej, a po jej śmierci – przez pierwsze 2 lata rządów starszego syna – Piotra V, oraz w czasie, gdy drugi syn – Ludwik I wraz z żoną (Maria Pia Sabaudzka) w 1867 na krótko opuścili kraj dla uczestniczenia w Wystawie Światowej w Paryżu.
W 1869 Ferdynand II ożenił się powtórnie ze śpiewaczką operową Elizą Hensler, której nadano tytuł hrabiny Edla i dla której specjalnie wybudował w Sintrze pałac znany jako Pałac Pena. Miał z nią córkę o imieniu Alicja.
Spoczywa u boku swojej pierwszej małżonki w Panteonie rodu Bragança w Lizbonie.
Genealogia Prapradziadkowieks. Saksonii-Koburg-Saalfeld Franciszek Jozjasz
(1697–1764)
∞1723
Anna Zofia Schwarzburg-Rudolstadt
(1700–1780)ks. Brunszwiku-Lüneburga Ferdynand Albert II
(1680–1735)
∞1712
Antonina Amalia z Brunszfiku-Wolfenbüttel
(1696–1762)hr. Reuss-Ebersdorf Henryk II
(1699–1747)
∞1721
Zofia z Castell-Remlingen
(1703–1777)hr. Erbach-Schönberg Jerzy August
(1691–1758)
∞1719
Ferdynanda z Stolberg-Gedern
(1699–1750)András József Koháry (1694–1757)
∞ok. 1720
Margareta Therese Thavonath
(ok. 1700–?)N.