Muzeum Narodowe w Gdańsku w oficjalnym oświadczeniu poinformowało, że wkrótce ma zostać ogłoszony konkurs na stanowisko kierownika Nomus – Nowego Muzeum Sztuki. Po zaistniałej sytuacji Aneta Szyłak w jednej z rozmów stwierdziła, że została szantażem wmanipulowana w sytuację przejścia na emeryturę. Dodała także że podczas pełnienia funkcji pełnomocnika i następnie kierownika muzeum NOMUS, była ona razem ze swoim zespołem wyszydzana przez dyrekcję Muzeum Narodowego w Gdańsku. Ponadto stwierdziła ona, że dyrekcja muzeum psuła relacje sponsorskie i odbierała wpływ na istotne decyzje dotyczące muzeum NOMUS.
Zmarła 31 października 2023 r. po walce z ciężką chorobą. 10 listopada tego samego roku o godz. 14 odbyła się humanistyczna ceremonia pogrzebowa, po której urna z jej prochami została złożona w kolumbarium cmentarza Garnizonowego w Gdańsku (kolumbarium I, rząd A, grób 8). Tego samego dnia o godz. 16. w Muzeum NOMUS odbyła się ceremonia upamiętniająca dorobek Anety Szyłak.