Pseudonauka Gardner zdobył opinię jednego z czołowych polemistów z pseudonauką w drugiej połowie XX wieku. Jego książka Fads and Fallacies in the Name of Science (pierwsze wydanie 1952, drugie 1957), wydana w Polsce pod tytułem Pseudonauka i pseudouczeni (w 1966, z pominięciem rozdziału o łysenkizmie) to klasyczna pozycja sceptycyzmu naukowego. Poddał on tam pod osąd takie idee jak fletcheryzm, kreacjonizm, pomysły Charlesa Forta, Rudolfa Steinera, dianetykę, radiestezję, UFO, postrzeganie pozazmysłowe i psychokinezę. Książka ta, jak również kolejne (np. Science: Good, Bad and Bogus, 1981; Order and Surprise, 1983) przysporzyła mu wielu antagonistów wśród pseudonaukowców, z którymi często (publicznie i prywatnie) polemizował przez dziesięciolecia.
W 1976 r. współtworzył Komitet Naukowego Badania Rzekomych Zjawisk Paranormalnych (Committee for the Scientific Investigation of Claims of the Paranormal, CSICOP), a od 1983 do 2002 r. redagował dział Notatki o pograniczu nauki (Notes of a Fringe Watcher) w periodyku Skeptical Inquirer wydawanym przez tę organizację.