Trzy pomocnicze pompy rozpoczęły pracę automatycznie po zatrzymaniu pompy głównej obiegu kondensatu, lecz dwa z trzech zaworów umożliwiających obieg były zamknięte, tym samym wciąż uniemożliwiły zaopatrzenie generatora pary w odpowiednią ilość wody.
System rezerwowy był testowany 42 godziny przed wypadkiem. Część procedury testowej wymagała zamknięcia zaworów pomp rezerwowych, lecz miały one zostać otwarte po zakończeniu procedury, czego nie zrobiono.
W późniejszym czasie komisja prezydencka zażądała od FBI śledztwa, mającego wyjaśnić, czy pozostawienie zaworów zamkniętych nie było aktem sabotażu.
Zamknięcie zaworów pomp rezerwowych wykryto 8 minut od zaistnienia pierwszej awarii. Po ich otwarciu obieg rezerwowy natychmiast uzupełnił braki wody w generatorze pary. Brak zaopatrzenia w wodę obiegiem rezerwowym przez 8 minut nie spowodował nasilenia się skutków awarii, a jedynie wprowadził zamieszanie wśród operatorów centrali. Przywrócenie obiegu wody pomocniczej nie unormowało sytuacji. Ciśnienie w obiegu głównym dalej ulegało obniżaniu w wyniku otwartego zaworu bezpieczeństwa, co spowodowało również spadek temperatury wrzenia wody. Tym samym w układzie reaktora zaczęła pojawiać się para wodna pochodząca od wrzącego radioaktywnego chłodziwa pod niższym (niż robocze) ciśnieniem.