W 476 roku, po rozpadzie cesarstwa, miasto zostało włączone do Królestwa Wizygotów, w rękach których pozostało do roku 714, kiedy to z kolei podbili je Arabowie. W przeciwieństwie do reszty Hiszpanii, nie utrzymali się tu oni długo, bo już w 785 roku podbił je Karol Wielki włączając w skład Imperium Karolińskiego jako stolicę Marchii Girony. W następnych latach siły muzułmańskie zdobywały miasto jeszcze trzykrotnie, ale po krótkim czasie zmuszane były do odwrotu. Po połączeniu Marchii Girony z Marchią Barcelony w roku 878 osada stała się częścią Marchii Hiszpańskiej.
W roku 890 w mieście osiedlili się Żydzi, którzy stanowili część lokalnej społeczności do roku 1492, kiedy to zostali wypędzeni z Hiszpanii przez Królów Katolickich – Ferdynanda II Aragońskiego i jego żonę Izabelę I Kastylijską. W 1162 roku Girona weszła w skład Królestwa Aragonii, by następnie w XV wieku, po połączeniu Aragonii z Królestwem Kastylii, stać się częścią Hiszpanii. W tym czasie liczyła ona około 8000 mieszkańców i była trzecim co do wielkości miastem Katalonii po Barcelonie i Perpignan.