Powodzenie procesu zatwierdzenia porozumienia nie było pewne: w obu krajach głos przeciwko niemu zabrała znacząca opozycja przeciwko jego zawarciu (w Macedonii m.in. partia WMRO-DPMNE), przeciwna porozumieniu była także Rosja, która chciała podtrzymać napięcie na Bałkanach i zapobiec rozszerzeniu NATO. Po zawarciu porozumienia w parlamencie greckim postawiono wniosek o wotum nieufności wobec Aleksisa Tsiprasa, a prezydent Macedonii Ǵorge Iwanow zgłosił weto wobec tej umowy. W obu wypadkach parlamenty Grecji i Macedonii oddaliły te środki. W obu krajach doszło także do protestów ulicznych, w których inspirowaniu i finansowaniu prawdopodobnie miała udział Rosja. W referendum w sprawie integracji UE i akceptacji porozumienia przeprowadzonym przez rząd macedoński 30 września 2018 frekwencja nie przekroczyła wymaganego progu 50% (uczestniczyło w nim tylko 36,9% uprawnionych, z czego 91,5% głosowała za akceptacją). Referendum to jednak nie miało charakteru wiążącego, a jedynie doradczy.