Pierwszy drewniany kościół dominikanie zbudowali w 1700 roku, a 10 września 1751 roku konsekrował go bp.Józef Dominik Puzyna i nadał mu tytuł Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny. Od początku był tam przechowywany oraz MB namalowany na lipowej desce.Kult MB z Agłony był znany w całych Inflantach polskich. Bogarodzicę Agłońską nazywano Królową Północy gdyż było to najdalej na północ wysunięte sanktuarium maryjne. W 1766 r. drewniany kościół spłonął. Udało się uratować tylko obraz MB. Budowę nowej świątyni ukończono w 1780 roku. W czasach carskiej Rosji zabroniono przyjmowania nowych kandydatów do klasztoru. Ostatni dominikanin zmarł w 1891 roku.
Na przełomie wieków na terenie dawnego klasztoru władze carskie zorganizowały więzienie dla księży. Do osadzonych należeli Zygmunt Łoziński, Jakub Szkiłłądź oraz Fryderyk Jozafat Żyskar.
Później kościół i klasztor przejęli księża diecezjalni. W 1980 roku obchodzono 200-lecie kościoła, a papież Jan Paweł II nadał mu status bazyliki. 15 sierpnia 1986 roku z udziałem kardynała Juliana Vaivods odbyła się tutaj uroczystość 800-lecia chrztu Łotwy.