Misato umiera w podobny sposób jak w Air/Magokoro o, kimi ni, ale wcześniej zabija siebie i wielu żołnierzy JSSDF granatem.

Rebuild of Evangelion Misato powraca jako główna postać w Rebuild of Evangelion. W Evangelion 1.11 (Nie) jesteś sam, gdzie wydaje się być niemal identyczna z jej odpowiednikiem w anime, z wyjątkiem drobnych różnic (np jej włosy są w ciemniejszym odcieniu fioletu). W Rebuild Misato wydaje się być bardziej zaangażowana w to, co dzieje się w NERV, a jej pozycja jest wyższa – jest , więc wie o posiadaniu przez NERV Lilith.

W Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance, Misato zachęca Shinjiego, aby zbliżył się do swojego ojca, a także przyjmuje Asukę do swojego domu w nadziei na nawiązanie koleżeństwa pomiędzy dwoma pilotami. Wciela się w bardziej siostrzaną rolę dla Asuki, a także nie wznawia romantycznego związku z Kajim. W retrospekcji dotyczącej Drugiego Uderzenia okazuje się, że Misato nie spała i widziała, jak jej ojciec umiera na jej oczach. Po uszkodzeniu Renault Alpine podczas przybycia Asuki, prowadzi Mazdę Cosmo.