Ljubojević ustrzelił hat-tricka w spotkaniu II rundy eliminacyjnej w wygranym 5:2 meczu z mistrzem Litwy, Ekranasem Poniewież.
W styczniu 2007 Ljubojević ponownie wyjechał za granicę, tym razem za 500 tysięcy został sprzedany do Racingu Genk. W 2007 roku wywalczył z nim wicemistrzostwo kraju, a w 2009 roku zdobył Puchar Belgii.
W 2010 roku Chorwat wrócił do ojczyzny i przez pół roku grał w NK Zagreb. Drugą połowę 2010 roku spędził w szwedzkim AIK Fotboll, a w 2011 roku powrócił do NK Osijek. W 2012 roku przeszedł do FCM Târgu Mureș, a następnie do Naftu Teheran. W sezonie 2013/2014 grał w Osijeku, a w sezonie 2014/2015 był zawodnikiem singapurskiego klubu Balestier Khalsa. W 2015 przeszedł do indonezyjskiego Sriwijaya FC.
Ljubojević w swojej karierze grał w młodzieżowych reprezentacjach Chorwacji: U-15, U-16, U-17, U-19, U-20 i U-21.
Kariera Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1999/00 NK Osijek
Prva HNL 1 0 2000/01 NK Osijek
Prva HNL 6 0 2001/02 NK Osijek
Prva HNL 7 1 2002/03 NK Osijek
Prva HNL 20 6 2003/04 NK Osijek
Prva HNL 31 16 2004/05 Dinamo Zagrzeb
Prva HNL 25 9 2005/06 Dinamo Zagrzeb
Prva HNL 11 1 2005/06 FC St.