right|Logo PM|250px Pustynia Miast Pustynię tworzą rekolekcje młodzieżowe, które odbywają się w losowo wybranych miastach. Celem Pustyni, podobnie jak SPE, jest ewangelizacja. Organizuje się spotkania ewangelizacyjne na osiedlach, placach, w szpitalach, domach dziecka, czy w więzieniach. Hymnem „Pustyniaków” jest pieśń: „Gdy uczniów swych posyłał Pan”. Do roku 2012 włącznie równolegle do trwania SPE odbywała się kilkudniowa Pielgrzymka Pustyni Miast. Jej uczestnicy otrzymywali charakterystyczne chusty w kolorze żółtym. Moderatorem Pustyni Miast od jej założenia do października 2013 roku był ksiądz Dariusz Presnal. Jego następcami na stanowisku moderatora Pustyni Miast zostali ksiądz Przemysław Cholewa oraz ksiądz Bartłomiej Przybylski.
Działalność Ewangelizacja W trakcie całorocznej pracy formacyjnej we wspólnotach lokalnych odbywają się spotkania młodych ludzi, na których rozważając fragmenty Pisma Świętego dyskutują na temat wiary i wielu dręczących młodzież problemów. Zrzeszeni we wspólnotach prowadzą również zajęcia dla dzieci i młodzieży, animują Msze święte, czuwania, adoracje, pomagają w prowadzeniu rekolekcji itp.