Uniknął jednak większej kary, gdyż podczas rozprawy sądowej dokonał zawiłej obrony, która w konsekwencji dowiodła jego niewinności. Pomimo wygranego procesu hrabiego di Cagliostro wydalono z Francji. Wyjechał do Anglii, którą jednak z powodu złej sławy szybko musiał opuścić.
Proces przed Świętą Inkwizycją thumb|200px|Twierdza San Leo, w której hrabia Cagliostro spędził ostatnie lata życia W 1789 roku hrabia di Cagliostro powrócił wraz z żoną do Włoch. Osiadł w Rzymie. Jego sława jako okultysty i maga, a przede wszystkim wolnomularza nie przyniosła mu jednak niczego dobrego. Zainteresowała się nim inkwizycja papieska, oskarżając o próbę stworzenia w Państwie Kościelnym lóż masońskich. 26 września 1789 roku hrabia Alessandro di Cagliostro został wydany za sprawą donosu, jaki złożyła na niego jego własna żona, Lorenza Feliciani ukrywająca swoją tożsamość pod pseudonimem Serafina. Cagliostro aresztowano i uwięziono. Podczas trwającego prawie półtora roku procesu stawiano mu różne zarzuty. Do najważniejszych oskarżeń należały jednak te, które dotyczyły: bluźnierstwa, herezji i rozpusty.