Obejmując swoje obowiązki, arcybiskup Jerzy pisemnie zobowiązał się do lojalności wobec rządu polskiego.
Po spotkaniu 16 września 1921 z ministrem wyznań religijnych i oświecenia publicznego Maciejem Ratajem, który potwierdził dążenie rządu do usamodzielnienia się prawosławia w Polsce, arcybiskup Jerzy oraz towarzyszący mu biskupi Dionizy (Waledyński) i Pantelejmon (Rożnowski)Biskup piński i nowogrodzki. zgodzili się – zgodnie z prawem kanonicznym – wystąpić o przyznanie autokefalii do patriarchy Moskwy. Na tym samym spotkaniu ww. biskupi uznali arcybiskupa Jerzego za zwierzchnika całego polskiego prawosławia. W oświadczeniu złożonym na ręce ministra zadeklarowali, że radzi są poświęcić się pracy na korzyść Cerkwi na podstawie autokefalii.
Rozmowy z patriarchą Tichonem Według Kazimierza Urbana arcybiskup Jerzy uważał zgodę na autokefalię za jedyną szansę na pokojowe ułożenie stosunków między państwem a Kościołem prawosławnym, postrzeganym po latach zaborów jako instytucja ściśle związana z Rosją. Mirosława Papierzyńska-Turek podkreśla natomiast chwiejność jego stanowiska w tym okresie. Arcybiskup kilkakrotnie w wypowiedziach dla prasy twierdził, że nie będzie działał na rzecz oderwania się Kościoła w Polsce od Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.