W 2004 doszło do trzeciego udziału w Copa Libertadores. Po awansie z pierwszego miejsca w grupie, osiągnięto ćwierćfinał po rzutach karnych w pojedynku z ekwadorską Barceloną. W ćwierćfinale, po remisie w Brazylii Once Caldas pokonał Santos FC 1:0 u siebie. Następnie w półfinale grali z dwukrotnym zdobywcą Copa Libertadores – São Paulo. W Brazylii remis, w rewanżu wygrana 2:1 po bramce Jorge Agudelo w ostatniej minucie meczu i awans do finału z obrońcą trofeum – Boca Juniors. Na „La Bombonera” padł remis 0:0. W rewanżu Jhon Viáfara strzelił w 8 minucie gola dającego prowadzenie drużynie z Kolumbii, jednak w 52 minucie Nicolas Burdisso wyrównał stan meczu. Rezultat nie uległ zmianie i doszło do rzutów karnych. Faworyci z Boca Juniors nie trafili ani razu w światło bramki, z kolei drużyna Once Caldas trafiła dwukrotnie, zdobywając tym samym tytuł. Głównymi postaciami zwycięskiej drużyny w turnieju byli Juan Carlos Henao i Jhon Viáfara. Jako zdobywca Copa Libertadores Once Caldas stawił czoło w walce o Puchar Międzykontynentalny zwycięzcy europejskiej Ligi Mistrzów – FC Porto. W Jokohamie nie padła żadna bramka i doszło do karnych, wygranych przez zespół z Portugalii 8:7.