Rok 2000 – to dalsze zmiany w strukturach organizacyjnych dywizji. Na podstawie rozkazu Dowódcy Wojsk Lądowych z 15 czerwca 2000 zostały rozformowane: 14 Brygada Zmechanizowana i 18 Batalion Rozpoznawczy w Elblągu, natomiast w jej skład weszły: 20 Brygada Zmechanizowana w Bartoszycach, 3 Batalion Rozpoznawczy w Giżycku. W 2001 w strukturach dywizji powstała 16 Kompania Chemiczna, a jesienią tego roku dywizja weszła w podporządkowanie 1 Korpusu Zmechanizowanego. Po rozformowaniu korpusu dywizję podporządkowano Dowództwu Wojsk Lądowych.
Struktura organizacyjna w latach 2001–2011 Dowództwo 16 Pomorskiej Dywizji Zmechanizowanej im. Króla Kazimierza Jagiellończyka w Elblągu 9 Brygada Kawalerii Pancernej (Braniewo) 15 Brygada Zmechanizowana (Giżycko) 16 Brygada Zmechanizowana (Morąg) – rozformowana w 2008 20 Brygada Zmechanizowana (Bartoszyce) 16 Pomorski pułk artylerii (Braniewo) – rozformowany w 2011 13 Elbląski pułk przeciwlotniczy (Elbląg) – rozformowany w 2011 14 Suwalski pułk przeciwpancerny (Suwałki) przekazany pod w podległość DG od 2019 3 Mazurski batalion rozpoznawczy (Giżycko) – rozformowany w 2010 16 batalion dowodzenia (Elbląg) 16 Tczewski batalion saperów (Tczew) 16 Żuławski Batalion Remontowy (Elbląg) przemianowany na 16 pułk logistyczny od 2019 16 batalion zaopatrzenia (Elbląg) 16 batalion medyczny