Przez kilka kolejnych lat, aż do zakończenia pracy w Biurze Szyfrów, Schmidt spotykał się z francuskimi agentami w różnych europejskich miastach i przekazywał im kopie instrukcji obsługi Enigmy, procedury operacyjne i listy nastawów kluczy. Nawet z dostępem do takich informacji francuski wywiad nie był w stanie odszyfrować wiadomości zaszyfrowanych za pomocą Enigmy. Nie mogli tego dokonać także brytyjscy kryptolodzy, z którymi Bertrand nawiązał kontakt i którym przekazał informacje uzyskane od Schmidta.
Po upadku Francji francuski agent o nazwisku Stallman (Rudolphe Lemoine, ps. Rex), który był oficerem prowadzącym Schmidta, został aresztowany przez gestapo i zdradził Schmidta jako francuskiego szpiega. Schmidt został aresztowany 1 kwietnia 1943 roku, a we wrześniu 1943 jego córka Giselle została wezwana celem identyfikacji zwłok. Jej zeznania sugerują, że Schmidt popełnił samobójstwo przy pomocy trucizny, którą na jego prośbę przeszmuglowała wcześniej do celi.
W związku z aferą szpiegowską Hansa-Thilo, jego starszego brata gen.