W twórczości naukowej Axera ważną rolę odgrywa problematyka widowisk w świecie antycznym i nowożytnym. Interesują go także przemiany klasycznego kanonu w czasach najnowszych. Od lat dziewięćdziesiątych zajmuje się jednak przede wszystkim recepcją kultury antycznej w kulturach narodowych i regionalnych Europy Środkowowschodniej, kierując międzynarodowymi programami badawczymi, m.in. „Łacina w Polsce. Teksty literackie i dokumenty z Europy Środkowowschodniej” (z udziałem uczonych ukraińskich, białoruskich, litewskich, włoskich, niemieckich i polskich; wyniki programu opublikowane zostały w zeszytach naukowych „Łacina w Polsce”, t. 1–12, 1995–1998) oraz „Respublica Polonorum a Respublica Litteraria Europaea”, również z udziałem badaczy wschodnioeuropejskich.
Działalność organizatorska Na fali ruchu pierwszej „Solidarności” został wybrany prodziekanem, a następnie dziekanem Wydziału Polonistyki UW (1980–87).