Małżeństwo z Astrud się rozpadło i muzyk poślubił w 1968 Miúchę Buarque de Holanda, siostrę Chico Buarquego. Ich córką jest piosenkarka Bebel Gilberto. Po powrocie ze Stanów Zjednoczonych kontynuował karierę muzyczną, często współpracując z innymi brazylijskimi muzykami.
Muzyka Owocem poszukiwań muzycznych Gilberto był rytm bossa novy. João Gilberto wykształcił również charakterystyczny styl wykonawczy: cichy, delikatny i liriczny śpiew skontrastowany z synkopowanym rytmem na gitarze. Liczne kompozycje Gilberto osiągnęły status standardów, a styl utworów jest określany przez słuchaczy jako brazylijski. Twórczość Gilberto inspirowała również przedstawicieli nurtu tropicalia, np. Caetano Veloso i Gilberto Gila, z którymi współpracował w późniejszym okresie.
Dyskografia Chega de Saudade (1959) O Amor, o Sorriso e a Flor (1960) João Gilberto (1961) Getz/Gilberto (1964) Herbie Mann & João Gilberto with Antonio Carlos Jobim (1965) Getz/Gilberto Vol.