W ramach programu obejmującego Czechy, Słowację, Węgry oraz kraje Bałkanów Zachodnich i Wschodnich, prowadzone są badania nad ewolucją współpracy politycznej, społecznej i gospodarczej (w tym energetycznej i infrastrukturalnej) krajów regionu w powiązaniu z przemianami w ich polityce wewnętrznej i zagranicznej. Równie istotnym zagadnieniem jest znaczenie geopolityczne Europy Środkowej i jej miejsce w polityce globalnych graczy – Chin, Rosji czy Stanów Zjednoczonych. Do programu należy też analiza potencjału Grupy Wyszehradzkiej (V4) i formatu V4+ jako forów promujących współpracę regionalną, zwiększających wpływ Polski na przyszłość UE oraz wspierających politykę jej rozszerzenia i europejską politykę sąsiedztwa wobec Bałkanów Zachodnich i krajów Partnerstwa Wschodniego.
Europa Wschodnia Grupa bada relacje Polski z krajami poradzieckimi, jak również politykę UE wobec Europy Wschodniej i Partnerstwa Wschodniego. Zajmuje się m.in. polityką zagraniczną i wewnętrzną Rosji, Ukrainy, Białorusi.