Do zapłodnienia dochodzi po około 80 dniach od wysiewu. Zarodek sporofitu dzieli się, tworząc cztery płaty, z których powstają: krótkotrwała stopa zagłębiona w gametoficie i odżywiająca nim rozwijającą się młodą roślinę, korzeń, pierwszy, drobny liść i zaczątek kłącza.
Paprotka zwyczajna jest hemikryptofitem – jej pąki zimują na płożącym kłączu pokrytym zimotrwałymi, sterylnymi liśćmi i częścią liści płodnych, z pustymi już zwykle zarodniami. Liście zarodnikujące w poprzednim sezonie sukcesywnie obumierają i zanikają do początku kolejnego lata. Z kłączy nowe liście wyrastają od kwietnia, a w maju na kolejnych liściach zaczynają się tworzyć nowe zarodnie, które dojrzewają i są uwalniane od lipca do zimy włącznie, ze szczytem zarodnikowania w sierpniu i wrześniu. Zarodniki zachowują przez wiele lat zdolność do kiełkowania, ale zmniejsza się ona o 9% z każdym rokiem (wydłuża się też wraz z wiekiem zarodników czas rozwoju gametofitu i zwiększa się częstość występowania nieprawidłowości rozwojowych).