W Odrze Wodzisław Śląski w ciągu 12 sezonów strzelił 10 bramek oraz rozegrał 303 spotkania w Ekstraklasie, dzięki czemu trafił do elitarnej grupy – Klubu 300.
Ruch Chorzów Pierwszy raz Malinowski trafił do Ruchu w roku 2002, rozgrywając dla „Niebieskich” dwa sezony: 2002/03 i 2003/04 po czym powrócił do wodzisławskiej Odry. Do Chorzowa ponownie trafił po spadku Odry z Ekstraklasy latem 2010 (sezony od 2010/11 do 2014/15). W sezonie 2011/12 z „Niebieskimi” zdobył wicemistrzostwo Polski i grał w finale Pucharu Polski. W czerwcu 2015 roku Ruch Chorzów nie przedłużył kontraktu z 39-letnim kapitanem Marcinem Malinowskim, który w sumie bronił barw "Niebieskich" przez siedem lat. W barwach Ruchu rozegrał łącznie 7 sezonów, w tym 6 w Ekstraklasie.
Dalsza kariera 2 lipca 2015 zawodnik podpisał kontrakt z III ligowym Porońcem Poronin, a od 2016 do końca 2018 r. występował w IV ligowym klubie MKP Centrum Wodzisław Śląski.
Kariera trenerska W styczniu 2019 został grającym trenerem IV ligowej Unii Turza Śląskahttps://sport.nowiny.pl/sport/146771-quotmalina-quot-trenerem-unii-turza-slaska.html "Malina" trenerem Unii Turza Śląska [dostęp 2019-01-09].