W maju 1993 zawieszono ruch na trasie Kościerzyna-Lipusz-Bytów (ruch Bytów-Słupsk został zawieszony wcześniej). W 1994 z powodu niskiej frekwencji, co wydaje się być nieprawdopodobne zważywszy, że w rozkładzie z 1993 występują tu aż 4 pary pociągów, oraz słabego stanu torowiska zamknięto dla ruchu pasażerskiego linię nr 233, a po kilku miesiącach ustał także ruch towarowy, co w następstwie doprowadziło do rozebrania linii (obecnie planuje się na nasypie zrobić ścieżki rowerowe). W 1994 wprowadzono nowe SZT na linii Gdynia – Kościerzyna były to pojazdy z serii SA102, jednakże i one nie były długo stosowane na tej trasie, najpierw obsługiwały połączenia mniej uczęszczane przez podróżnych, wkrótce jeden poszedł do obsługi linii Chojnice – Tczew, drugi coraz częściej jeździł na trasie Gdynia-Hel. W 2001 podczas powodzi w Gdańsku przez Kościerzynę jeździły nawet pociągi Intercity, gdyż przez kilkanaście dni linia przez Gdańsk była nieprzejezdna, jednak był to tylko objazd, a nie planowa komunikacja. W 2004 zawieszono na krótko ruch na linii Chojnice-Kościerzyna, lecz ze względu na protesty mieszkańców ruch wznowiono półtora miesiąca później. Dwa razy zawieszony był ruch pomiędzy Kościerzyną a Czerskiem (najprawdopodobniej związane było to tylko z remontem mostu na kanale Wdy).