Jesienią 1917 w londyńskiej School of Oriental Studies wygłosiła wykład o wschodnich Turkach, dyskredytując niemieckie plany rozszerzenia strefy wpływów w Azji. Wykazywała, że Turkowie z Azji środkowej nie byli tożsami z Turkami osmańskimi. Rozszerzeniem tego wykładu była książka The Turks of Central Asia in History and the Present Day, która ukazała się w 1919. Po zakończeniu I wojny światowej na konferencji BrytyjskiegoTowarzystwa Popierania Wiedzy wygłosiła referaty: Historia i etnologia w Azji Środkowej oraz Polska i jej sąsiedzi.
W 1918, jako jedna z niewielu kobiet, Czaplicka została członkinią Królewskiego Towarzystwa Geograficznego. Była także pierwszą stypendystką Polskiej Akademii Umiejętności. Czaplicka przyjęła ofertę objęcia posady w Instytucie Etnografii Uniwersytetu Columbia w Nowym Jorku, lecz nigdy jej nie zrealizowała.
W 1919 Czaplicka straciła pracę w Oksfordzie, ponieważ wykładowca antropologii fizycznej Leonard Buxton, którego zastępowała, wrócił z frontu. Nigdy nie otrzymała stałej posady na uczelni, choć za pracę naukową była wielokrotnie wyróżniana i doceniana.