Na początku Wielkiej Rewolucji Francuskiej królowa sympatyzowała z rewolucjonistami, ale kiedy obalono monarchię we Francji, a następnie zgilotynowano króla Ludwika XVI (21 stycznia 1793) i królową Marię Antoninę (16 października 1793), zmieniła zdanie.
Królowa i jej małżonek byli przerażeni wydarzeniami we Francji i dzięki poparciu Johna Actona i ambasadora Wielkiej Brytanii Williama Hamiltona Maria Karolina przekonała męża do utworzenia w 1798 armii neapolitańskiej i sycylijskiej. Armia ta wystąpiła przeciw rewolucyjnej Francji razem z innymi państwami w ramach I koalicji antyfrancuskiej. Pokój z Francją zawarto jednak już w 1796. Republika Partenopejska Na początku 1799 Francuzi stanęli pod bramami Neapolu, a król Ferdynand uciekł na Sycylię. Francuzom udało się zdobyć miasto z pomocą szlachty i mieszczaństwa, którzy zbuntowali się przeciwko Ferdynandowi i Marii Karolinie. W styczniu 1799 do życia powołano Republikę Partenopejską, a król został zdetronizowany. W czerwcu wojska wysłane przez Ferdynanda pod dowództwem kardynała Ruffo zdobyły Neapol i przywróciły stary porządek. Jeszcze przed przypłynięciem sojuszniczej floty króla Ferdynanda (pod dowództwem Horatio Nelsona) został podpisany pokój między Neapolitańczykami a Francuzami.