Lęgi 180px|mały|lewo|Jajo z kolekcji muzealnej thumb|250px|right|Szlara puszczyka mszarnego Wyprowadza jeden lęg w roku. Gniazdo Charakterystycznym miejscem jest szczyt złamanego pnia, może być to również opuszczone gniazdo ptaków krukowatych lub drapieżnych, zwłaszcza jastrzębia, myszołowa i trzmielojada. Rzadziej gnieździ się bezpośrednio na ziemi. Przed zajęciem gniazda czyści je i wyścieła gałązkami iglastymi, sierścią, korą i mchem, co nie jest typowe dla sów. Jaja i wysiadywanie Samica w kwietniu składa 2 do 5 jaj w odstępach 1–2 dni. Jaja wysiadywane są poczynając od pierwszego jaja przez okres około 30 dni, wyłącznie przez samicę. Samiec przynosi pokarm dla niej i piskląt, kiedy już się wyklują. Pisklęta Pisklęta opuszczają gniazdo po 3–4 tygodniach. Nie potrafią jeszcze wtedy latać, ale dobrze się wspinają. Po ok. 8 tygodniach są już lotne, ale pozostają w okolicy gniazda jeszcze przez kilka miesięcy.
Status zagrożenia i ochrona Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznaje puszczyka mszarnego za gatunek najmniejszej troski (LC – Least Concern) nieprzerwanie od 1988 roku. W 2020 roku organizacja Partners in Flight szacowała liczebność światowej populacji na około 120 tysięcy osobników, co odpowiada około 80 tysiącom osobników dorosłych.