W 1964 również w Olduvai Leakey odkrył szczątki Homo habilis – wraz z wykonanymi przezeń narzędziami. Postawił hipotezę, że to właśnie H. habilis, żyjący w Afryce Wschodniej w tym samym czasie co australopiteki, jest przodkiem człowieka współczesnego. Krytykowany za „nadinterpretację” swojego odkrycia, zaczął wycofywać się z badań terenowych, oddając się pisaniu książek i wykładom. Rozpoczął wówczas kilka ważnych programów badawczych: nad szympansami (Jane Goodall) i nad gorylami (Dian Fossey) – kilka lat później wsparł również projekt badania orangutanów prowadzony przez Birutė Galdikas.
Późniejsze odkrycia Leakeyów dowodzą, że miał rację, a H. habilis faktycznie stanowił ogniwo łączące australopiteki z Homo erectus. Był autorem licznych publikacji naukowych i popularnonaukowych.
Inne odkrycia Louisa Leakeya: 1948 – wyspa na Jez. Wiktorii – szczątki przodka małp i ludzi Proconsul africanus – 25 mln lat 1962 – na wsch. od Jez.