mur oddzielający jego teren od strony aryjskiej wzniesiono przy wylocie ul. Granicznej. W marcu 1941 obszar dzielnicy żydowskiej zmniejszono, wyznaczając jego granicę wzdłuż wschodniej pierzei placu. Kościół Wszystkich Świętych oddano do użytkowania Żydom, których przodkowie już przed wojną przyjęli wiarę chrześcijańską i byli zupełnie zasymilowani. W czasie wielkiej akcji deportacyjnej latem 1942 roku, w czasie której wywieziono większość mieszkańców getta do obozu zagłady w Treblince, w sierpniu 1942 roku likwidowano tzw. małe getto. Mieszkania w budynkach znajdujących się przy placu i przyległych ulicach zasiedliła polska ludność.
Podczas ciężkich walk w powstaniu warszawskim w 1944 częściowo uszkodzono dwie kamienice oraz kościół; po upadku powstania Niemcy spalili zachodnią pierzeję placu. Zniszczona została przy tym m.in. synagoga Arona Serdynera.
1945–2000 Po wojnie plac był ważnym ośrodkiem handlu materiałami instalacyjnymi i budowlanymi.
Powojenne plany odbudowy zakładały początkowo odbudowę placu w dawnym kształcie, celem utworzenia tu enklawy dawnej zabudowy;