Decyzja o utworzeniu Akademgorodoka została podjęta na postanowieniu Komitetu Centralnego ZSRR w maju 1957 roku.
Budowę rozpoczęto w 1958 roku, pierwsze budynki instytutów oraz bloków mieszkalnych oddano do użytku i eksploatacji już w 1959 roku (pierwszym oddanym budynkiem był Instytut Hydrodynamiki). W następnych latach było wybudowanych kolejnych 20 instytutów, budynki mieszkalne oraz Nowosybirski Uniwersytet Państwowy. Wyjątkowym wydarzeniem w historii Akademgorodoka był pierwszy festiwal autorskiej pieśni w 1968 roku w klubie „Pod Integralem”. W czasach radzieckich (1959-1991) był miejscem bardzo prestiżowym dla zamieszkania.
Okres poradziecki
Rozpad radzieckiego systemu ekonomicznego i samego Związku Radzieckiego doprowadziły Akademgorodok do głębokiego kryzysu gospodarczego. Realne płace naukowców spadły często poniżej minimum egzystencji; obserwowano masową emigrację naukowców do zagranicznych uniwersytetów i ośrodków badawczych.