Do 5 października 1941 większość wojsk Frontu – 9 i 18 Armia uległa likwidacji. Resztki Frontu Południowego wycofały się za rzekę Mius.
W ciągu października front został jednak odbudowany (9 Armia, 18 Armia, 12 Armia) mimo że trzeba było wycofać się jeszcze dalej na wschód. W listopadzie 1941 ustabilizował się na linii: Artiomowsk, Debalcewo, Rostów nad Donem. 20 listopada 1941 r. utracono Rostów nad Donem. W listopadzie – grudniu 1941 front przeprowadził operację zaczepną w rejonie Rostowa przeciw niemieckiej 1 Armii Pancernej. Gdy Niemcy wjeżdżali do Rostowa od 3 dni trwała już kontrofensywa Frontu Południowego. W pierwszej połowie listopada otrzymano dwie nowe armie (37 i 56), które uderzyły w północno-wschodnie skrzydło 1 Armii Pancernej. Natarcie było na tyle skuteczne, że do 2 grudnia Niemcy wycofali się za rzekę Mius. Ofensywę kontynuowano w styczniu 1942 wraz z Frontem Południowo-Zachodnim w ramach zaczepnej operacji barwienkowsko-łozowskiej, co doprowadziło do powstania przyczółka barwienkowsko-łozowskiego. Jednak dalsza próba wyzwolenia rejonu Donbasu zakończyła się niepowodzeniem (maj 1942), ze względu na niemiecką operację zaczepną. W lipcu 1942 Front Południowy (skład: 12, 18, 24, 37, 56 Armie, 4 Armia Lotnicza) zmuszony został do kolejnego odwrotu i wycofania za Don.