Fitosocjologia Szczyr trwały rośnie w Europie w różnorodnych zbiorowiskach leśnych z klasy żyznych lasów liściastych Querco-Fagetea i bagiennych lasów olszowych Alnetea glutinosae, a także w zbiorowiskach zaroślowych na żyznych siedliskach z dominacją leszczyny lub tarniny oraz w wyżynnym jodłowym borze mieszanym (Abietetum polonicum). W Europie Środkowej uznawany jest za gatunek charakterystyczny dla rzędu buczyn (O.) Fagetalia. Występuje także w zbiorowiskach wysokich bylin i traw, zwłaszcza na glebach wapiennych, na stokach o wystawie północnej. W Zachodniej Europie oraz na obszarach subalpejskich w Europie Środkowej jest stałym lub częstym gatunkiem w zbiorowiskach łąk świeżych z wysokim porostem rajgrasu wyniosłego i barszczu zwyczajnego, nierzadko rośnie także w zbiorowiskach ziołoroślowych z pokrzywą zwyczajną.
Oddziaływanie międzygatunkowe Silny, klonalny wzrost szczyru trwałego na optymalnych dla tego gatunku siedliskach wiąże się z tworzeniem zwartych płatów, znacznie ograniczających dostęp światła do dna lasu. Istnieją doniesienia wskazujące silną konkurencję szczyru jako ograniczającą występowanie innych gatunków.