Dymorfizm płciowy jest nieznacznie widoczny w wielkości zwierząt – samce charakteryzują się nieco większą masą i długością ciała niż samice. Dodatkowo wydaje się, że istnieje korelacja pomiędzy masą ciała i klimatem – małpy z bardziej północnych, chłodniejszych obszarów ważą więcej niż te z cieplejszych rejonów Japonii.
Futro może mieć różny odcień brązowego – od żółtawego aż po prawie szary. Jest doskonałym przystosowaniem do życia w chłodnym klimacie, ponieważ jego grubość rośnie, jak spada temperatura otoczenia, co pozwala małpom przetrwać mrozy do nawet –20 °C.
Ekologia Środowisko Siedliskiem makaków jest las tropikalny, liściasty i iglasty.
Ze względu na to, że Wyspy Japońskie rozciągają się południkowo łukiem o długości ok. 3 tys. km, a więc duża jest rozpiętość szerokości geograficznej i większą część kraju zajmują góry, habitat makaka japońskiego jest bardzo różnorodny pomiędzy skrajnymi punktami jego występowania. W południowym krańcu występowania populacji habitat zawiera subtropikalne lasy wiecznie zielone, natomiast w krańcu północnym, szczególnie w regionach górzystych, zawiera lasy subarktyczne, pokryte przez wiele miesięcy śniegiem. Stąd też nazywane są również małpami śnieżnymi (ang. snow monkeys). Makaki w Parku Małp Jigokudani znane są z odwiedzania zimą gorących źródeł, w których się ogrzewają.