Średnia wielkość grupy makaków japońskich to około 40 osobników, ale występuje duże zróżnicowanie – od 10 do nawet 160 osobników. W grupach obserwowane są złożone zachowania społeczne, z wyraźnie zaznaczoną hierarchią, zarówno wśród samców, jak i samic. Makaki cechuje także specyficzny rodzaj wokalizacji (ang. „coo call”), za pomocą którego lokalizują członków grupy oraz utrzymują kontakt wewnątrzgrupowy.
Pożywienie Makaki japońskie są wszystkożerne, ich dieta składa się z owadów, krabów, jaj ptaków, a także ponad 200 gatunków roślin. Dieta różni się w zależności od habitatu, a także zmienia się sezonowo.
Badania naukowe Makaki japońskie są coraz częściej wykorzystywane jako zwierzęta laboratoryjne. Badania etologiczne tego gatunku są prowadzone od ponad 50 lat, co przyczyniło się do lepszego zrozumienia ich behawioru i ekologii. Ze względu na wysoki poziom inteligencji, złożone zachowania społeczne oraz łagodną naturę są popularne w badaniach neuronaukowych, między innymi do badania aktywności neuronalnej przy wykonywaniu złożonych poznawczo zadań.