W pierwszych godzinach nowego roku 2000 spotkało klub nowe nieszczęście – młody i utalentowany kapitan drużyny Sandro Baylón zmarł na skutek obrażeń poniesionych w wypadku samochodowym, w którym jadąc samochodem uderzył z dużą prędkością w słup.
W roku 2001 klub świętował stulecie swego istnienia, nagradzając się zdobyciem kolejnego tytułu mistrza Peru po pokonaniu w rzutach karnych Cienciano. Po następne tytuły Alianza sięgnęła w latach 2003 i 2004, w obu przypadkach pokonując w meczu finałowym Club Sporting Cristal. Zespół prowadzony był przez Argentyńskiego trenera Gustavo Costas.
Stroje mały|120px|Oficjalny strój Alianza Lima Domowe stroje składają się z koszulek w biało-niebieskie paski, niebieskich spodenek i niebieskich getrów. Stroje wyjazdowe nie są specjalnie ustalone, a zespół czasami gra w całości na niebiesko lub na biało. W czasie października w hołdzie dla Señor de los Milagros, zespół zmienia strój na purpurowy, kolor, który jest często związany z religijnym obrazem i jego procesją.
Stadion Główna siedziba klubu jest położona w okręgu la Victoria w mieście Lima.