Nauczycielami dziewczynki byli Cipriano Mottura, Andrea Tintori, Ernesto Allason, Carlo Uria i Stefano Tempia. Księżniczka uczyła się rysowania, grania na pianinie, historii i wiedzy o literaturze. W tym okresie Małgorzata zafascynowała się zwłaszcza poezją i sztuką –zachwycała się dziełami Dantego Alighieri, zwłaszcza Boską komedią. Oprócz tego w wieku piętnastu lat napisała krótki wiersz o tematyce średniowiecznej zatytułowany Le Gantelet.
Małgorzata od dzieciństwa była bardzo żarliwą katoliczką. 10 czerwca 1863 roku przyjęła pierwszą komunię świętą w kaplicy pałacu Chiablese, skrzydle Pałacu Królewskiego w Turynie, a w 1866 roku przyjęła bierzmowanie na zamku w Agliè. Prawdopodobnie była zakochana w bracie swojego przyszłego męża, Amadeuszu. Badacze poparli tę tezę, chociaż nie ma na to żadnych niezbitych dowodów. W 1862 roku, podczas wesela Marii Sabaudzkiej i króla Portugalii, Ludwika I, Małgorzata miała wpatrywać się tylko w Amadeusza. Wtedy też po raz pierwszy zobaczyła Humberta, swojego przyszłego męża. Najprawdopodobniej nie zamieniła z nim żadnego słowa – sądziła, że ta znajomość nie będzie kontynuowana.