Władze Gdańska nie poważyły się na obrazę bandery, więc nie zaszła konieczność użycia siły.
Skutki Manifestacja zbrojna okazana przez stronę polską spowodowała zmianę stanowiska gdańszczan, którzy 13 sierpnia odnowili układ o używaniu gdańskiego portu przez okręty RP. Protokół ten nie zawierał już określania „port d’attache”, uregulowano w nim wzajemne prawa i obowiązki w korzystaniu z gdańskiego portu przez okręty RP.
Jest to jedyny w nowoczesnej historii Polski przykład wykorzystania przez MSZ okrętu Marynarki Wojennej jako tymczasowego, zewnętrznego organu państwa, w celu prowadzenia dyplomacji morskiej (definiowanej jako operacje wojskowe inne niż wojna, umożliwiające kontynuowanie polityki za pomocą innych środków).
Misja „Wichra” wpłynęła też na stosunek władz RP do Marynarki Wojennej. Decydenci II RP, w tym głównie marszałek Józef Piłsudski, pełniący obowiązki Generalnego Inspektora Sił Zbrojnych, przez długi czas po odzyskaniu niepodległości pozostawali sceptyczni wobec znaczenia posiadania przez Polskę silnej Marynarki Wojennej, czego skutkiem był trudności w przekazywaniu funduszy z budżetu Ministerstwa Spraw Wojskowych na rozwój tego elementu sił zbrojnych.