Głównym dziedzictwem Tsongkhapy, trwającym do dziś, są nauki Stopniowej Ścieżki do Oświecenia Lamrim, teoria i dogłębne studia, gdzie najbardziej ceniona jest Madhjamika Prasangika, techniki tantryczne oparte na jednoczesnej praktyce Guhjasamadży, Wadżrabhajrawy i Czakrasamwary, linia Mahamudry i 6 Jog Naropy, oraz Kalaczakra. Istnieje wiele innych klarownych i kompleksowych komentarzy tego nauczyciela do sutr, siastr i tantr buddyjskich oraz tekstów praktyk Wadżrajany.
Wykaz głównych dzieł Tsongkhapy Sześć głównych dzieł Dzie Rinpocze odnosi się do kompleksowych nauk Hinajany, Mahajany i Wadżrajany: Wielka Wykładnia Stopni na Ścieżce (wylie. Lam-rim chen-mo), Wielka Wykładnia Stopni Tantr Wadżrajany (wylie. sNgag-rim chen-mo), Eliksir Elokwencji Relatywnych i Ostatecznych Nauk (wylie. Drnng-nges legs-bshad snying-po), Pochwała Współzależnej Relatywności (wylie. rTen-'brel bstodpa), Przejrzysta Wykładnia Pięciu Stopni Tantry Guhjasamadźa (wylie. gSang-'dus rim-lnga gsal-sgron), Złoty Różaniec Nauk (gSer-phreng).