Naziści wraz z Belloqiem rozpoczynają wykopaliska archeologiczne w celu odnalezienia Arki, jednak jak doszli do wniosku Jones i Sallah – szukają jej w niewłaściwym miejscu. Indiana i Sallah docierają do Studni Dusz gdzie Jonesowi udaje się prawidłowo zlokalizować dokładne miejsce ukrycia Arki Przymierza. Chwilę później, po wyjściu ze Studni Dusz Jones w jednym z niemieckich namiotów, ku swojej uciesze odnajduje związaną Marion, która – jak się okazuje – nie zginęła w wybuchu. Indiana postawia jednak jej nie uwalniać, aby naziści nie zdali sobie sprawy z tego, iż ich rywale również znajdują się na terenie wykopalisk w celu odnalezienia Arki.
Jonesowi udaje się odnaleźć komnatę z Arką Przymierza. Wspólnie z Sallahem wynosi ją na zewnątrz, jednak przy wyjściu napotyka nazistów, którym przewodzi Rene Belloq, a wraz z nimi – Herman Dietrich, Toht i uprowadzona Marion. Oddział Belloqa przejmuje Arkę, a także zamyka Marion i Jonesa w komnacie wypełnionej jadowitymi wężami. Uwięzionym udaje się jednak odnaleźć wyjście i wydostać się na zewnątrz.