Zainteresowania naukowe Tematyka badań profesora J. Gutowskiego obejmuje entomologię leśną i ochronę przyrody. Badania dotyczą ekologii i ochrony owadów, w szczególności owadów saproksyliczne. Obszar badań zwiąże się także z faunistyką, koleopterologią, zoogeografią, biologią, morfologią i systematyką chrząszczy z rodzin: Buprestidae i Cerambycidae. Zajmuje się też problemem masowych pojawów kornika drukarza (Ips typographus), monitoringiem wybranych grup bezkręgowców, a także ochroną przyrody, zwłaszcza owadów.
Ważniejsze osiągnięcia naukowe Profesor J. Gutowski opublikował ponad 80 publikacji naukowych i ponad 30 opracowań popularnonaukowych.
Najważniejsze osiągnięcia naukowe: opisanie wielu gatunków chrząszczy nowych dla fauny Polski, opisanie nieznanych stadiów rozwojowych oraz rozpoznanie bionomii kilku gatunków z rodziny Buprestidae i Cerambycidae monograficzne opracowanie palearktycznych gatunków z rodzaju Phaenops, do którego należy m.in.