Oprogramowanie kompilowane skrośnie na systemie GNU/Linux lub innym z rodziny UNIX dla systemu Windows może być zrealizowane za pomocą MinGW, jednak często pożądane są natywne kompilacje dla niektórych systemów (takich jak Microsoft Windows), które nie mogą standardowo uruchamiać skryptów powłok Bourne’a. Istnieje możliwość instalacji Cygwin albo MSYS w systemie Windows, tworząc warstwę kompatybilności z systemem uniksowym, co umożliwia uruchomienie skryptu configure. Cygwin dostarcza ponadto GNU Compiler Collection, GNU make oraz inne oprogramowanie świadcząc prawie kompletny system uniksowy w systemie Windows; MSYS również zawiera GNU make oraz pozostałe narzędzia zaprojektowane do pracy z MinGW (wersja GCC).
Projekty używające GNU build system niekoniecznie muszą dostarczać skrypt configure w ich systemach kontroli wersji (takich jak CVS czy Subversion). Jeśli projekt wykorzystujący GNU build system nie posiada wygenerowanego pliku ./configure dostępnego dla użytkownika, musi on sam go wygenerować. Jednym z możliwych sposobów jest uruchomienie narzędzia autoreconf w powłoce systemowej:
$ autoreconf