W latach 899–900 zostało opanowane przez Węgrów, wchodząc następnie do Królestwa Węgier, w którym stanowiło ważny , tj. umocniony okręg graniczny podobnie jak leżący na północ Burgenland. Było podzielone między komitaty Vas i Zala.

W XVIII wieku działał tu Jožef Košič (), pastor w Beltincach, pisarz, etnolog i historyk, który w swej pracy opowiedział się za niemiecką teorią o pochodzeniu Słoweńców od Wandalów i Wenedów. Jego pracom sprzeciwiali się iliryści, np. Stanko Vraz.

W XIX wieku wśród tutejszych autochtonicznych Słoweńców („węgierskich”) pojawiła się świadomość wspólnoty narodowej ze Słoweńcami austriackimi. Na przełomie XIX i XX wieku świadomość narodowa wzmogła się wskutek intensywnej madziaryzacji.

Początkowo Prekmurje pozostało za linią demarkacyjną wytyczoną dla Węgrów przez marszałka Louis Franchet d’Espérey. W ramach delegacji Państwa SHS w Wersalu znalazł się przekmurzec, Matija Slavič, który przedstawiał argumenty na rzecz połączenia zarówno Prekmurja jak i Porabja ze Słowenią. 29 maja 1919 na fali rewolucji na terenie Prekmurja proklamowana została efemeryczna Republika Murska zlikwidowana po 4 dniach przez węgierską Armię Czerwoną. W lipcu ustalono, że granica węgiersko-słoweńska zostanie poprowadzona działem rzek Mury i Raby. Za zezwoleniem Rady Ambasadorów 12 sierpnia 1919 Prekmurje zajęły wojska SHS.