Recopa Po zwycięstwie w Copa Sudamericana Cienciano czekał teraz mecz z kolejną superpotęgą argentyńską – Boca Juniors. Tym razem walka miała się toczyć o Recopa Sudamericana, odpowiednik europejskiego superpucharu, tyle że tutaj grają ze sobą zdobywca Copa Libertadores z triumfatorem Copa Sudamericana. Do walki o kolejne trofeum przystąpiono w roku 2004. Mecz rozegrany został na Florydzie w Fort Lauderdale. Padł remis 1:1 i Cienciano wygrało w rzutach karnych, sprawiając kolejną sensację.
2005 W roku 2005 Cienciano wygrało turniej Apertura, w turnieju Clausura zajęło natomiast 5. miejsce. Mistrzem Clausury został Sporting Cristal. Następnie o mistrzostwo Peru zmierzył się mistrz Apertury (Cienciano) i mistrz Clausury (Sporting Cristal). W spotkaniu, które odbyło się na stadionie w Arequipie 21 grudnia 2005 Cienciano drugi raz w swej historii pogrzebało szanse na mistrzostwo przegrywając 0:1 po bramce Carlosa Zegarry w 44 minucie.
Słynni gracze klubu Juan Carlos Bazalar Oscar Manuel Ibáñez Roberto Silva Alessandro Morán Carlos Lugo (Paragwaj)