Podczas wojny obronnej w 1939 kierował mobilizacją w Grudziądzu, a następnie ewakuacją jego władz. Wraz z rodziną udał się na wschodnie tereny Polski. Niemcy poszukiwali go listem gończym, był też poszukiwany przez Einsatzkommando jako przeznaczony do rozstrzelania. Zimą 1940 r. jego rodzina (matka, żona i dzieci), powróciła do Wielkopolski, ogłaszając jego śmierć, a on sam, po zmianie nazwiska na Michał Józefowicz, znalazł się w zajętym przez Sowietów Lwowie skąd przeszedł do Międzyrzeca (powiat równieński ówczesnego województwa wołyńskiego). Dotrwał tam do wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej w czerwcu 1941, a następnie przedostał się do Warszawy, gdzie zaangażował się w działalność konspiracyjną w Związku Odbudowy Rzeczypospolitej.
Wkrótce zaczął także działać w referacie „P” (inny kryptonim „C”) Wydziału Informacji w Biurze Informacji i Propagandy KG AK. Zajmował się kwestiami walki cywilnej i oporu społecznego. Jednocześnie pełnił obowiązki sekretarza generalnego Społecznej Organizacji Samoobrony. Wiosną 1942 był współzałożycielem organizacji Zachód zajmującej się kontaktami z Polakami przebywającymi na terenie Rzeszy oraz organizującej tam sabotaż.