Prace rozwojowe podjęto po dużych problemach ze zwrotnością i związanej z tym serii wypadków, które zdarzały się trzy razy częściej samolotom Prowler niż innym maszynom marynarki.
W okresie użytkowania maszyna przeszła cały szereg modyfikacji, poprzez warianty oznaczane EXCAP (Expanded Capability), ICAP (Improved Capability), ICAP II, aż po ICAP III w dużej części kompatybilny z wyposażeniem następcy Prowlera – samolotu EA-18G Growler.
27 czerwca 2015 roku US Navy oficjalnie wycofała EA-6B z eksploatacji. Specjalna uroczystość z tym związana odbyła się w bazie Naval Air Station Whidbey Island. Ostatni raz samolot EA-6B Prowler wzbił się z pokładu lotniskowca 14 listopada 2014 roku. Do 2019 roku jedynym użytkownikiem tego typu maszyny był United States Marine Corps. 8 marca 2019 roku w bazie lotniczej Marine Corps Air Station Cherry Point w Północnej Karolinie odbyła się uroczystość rozwiązania ostatniej jednostki Korpusu, użytkującej samoloty EA-6B Prowler. Był nią dywizjon Marine Tactical Electronic Warfare Squadron 2 (VMAQ-2)US Navy wycofuje EA-6B Prowler, „Lotnictwo”, nr 8 (2015), s. 10, Prowlery zakończyły służbę, „Lotnictwo”, nr 4-5 (2019), s.