Wśród endoskopów wyróżnia się sztywne i giętkie z ruchomą końcówką. Średnica endoskopów sztywnych waha się między 1,6 do 19 mm i obecnie są używane przede wszystkim w ortopedii, laryngologii i chirurgii do przeprowadzania małoinwazyjnych operacji. Endoskopy giętkie (fiberoskopy) zbudowane są z giętkiego przewodu z optyką z włókien szklanych, lub z kamerą zamocowaną na końcówce i są dostępne o średnicy od 0,3 do 15 mm. Są używane do badań organów z długą drogą dojścia, np. przewód pokarmowy, czy drzewo oskrzelowe. Do podstawowych składowych zestawu endoskopowego należą: źródło światła, przewód światłowodowy i endoskop. Części składowe różnych producentów najczęściej nie współpracują z sobą bez specjalnych adapterów.
Endoskopy sztywne thumb|250px|Endoskop sztywny
Endoskopy sztywne są zbudowane ze sztywnej rury, z możliwością wprowadzania odpowiednich instrumentów, na przykład kleszczyków do pobierania materiału biologicznego do dalszego badania.