Pierwszym terenem podbitym przez Hirkana była Transjordania. Po trwającym dziewięć miesięcy oblężeniu opanował on Medebę, po czym wyruszył w kierunku Sychem. W 111–10 r. p.n.e. zmniejszył on znacząco rozmiary Sychem, a samarytańską świątynię leżąca nad Garizim zburzył. Umożliwiło to poprawę wizerunku Jana Hirkana I u wielu wspólnot religijnych, które nie akceptowały żadnych wspólnych miejsc kultu poza Jerozolimą. Następnie przyłączył on do państwa izraelskiego Idumeę, w której opanował Marisę, Adorę i wiele innych miastAntiq 13,257.. W 113 r. przed naszą erą Jan rozpoczął kolejną kampanię przeciwko Samarii. Jego dwaj synowie – Arystobul i Antygon rozpoczęli oblężenie Samarii. Oblężeni wezwali na pomoc Antiocha IX Kyzikenosa, który wysłał im 6000 żołnierzy. Oblężenie trwało długi i było kosztowne, jednak ostatecznie Samaria została pokonana. Hirkanowi udało się zająć Scytopolis. Macedończycy mieszkający na obszarze Samarii stali się niewolnikami. Nie zostali natomiast nimi mieszkańcy Samarii czczący Jahwe i będący Izraelitami. Pod koniec trzydziestoletnich rządów Jana Hirkana I jego królestwo rywalizowało wielkością z tym istniejącym za czasów Salomona.