Dzielą kontynent na dwa wielkie regiony Antarktydę Wschodnią i Antarktydę Zachodnią, a same leżą w Antarktydzie Wschodniej – granicę między regionami wyznaczają ich północne stoki.
System tworzy szereg łańcuchów górskich od Ziemi Oatesa i północnej Ziemi Wiktorii, wzdłuż zachodniego wybrzeża Morza Rossa i po zachodniej i południowej stronie Lodowca Szelfowego Rossa do południowego krańca Lodowca Szelfowego Filchnera, obejmując m.in.: Góry Admiralicji Pasmo Towarzystwa Królewskiego Góry Horlicka Pensacola Mountains Góry Shackletona Góry Królowej Maud Góry Królowej Aleksandry Góry Księcia Alberta Thiel Mountains Theron Mountains
Najwyższym szczytem Gór Transantarktycznych jest Góra Kirkpatricka w Górach Królowej Maud wznosząca się na wysokość 4528 m n.p.m.
Od wschodu, na całej swojej długości, Góry Transantarktyczne sąsiadują z lądolodem Antarktydy Wschodniej – East Antarctic Ice Sheet. Na zachodzie, od wysokości Lodowca Scotta do Ziemi Coatsów sąsiadują z lądolodem Antarktydy Zachodniej – West Antarctic Ice Sheet. Góry Transantarktyczne charakteryzują się występowaniem licznych lodowców. Leżą tu m.in.: Lodowiec Amundsena, Lodowiec Beardmore’a, Lodowiec Shackletona i Lodowiec Scotta.