Po wielu konfliktach z władzami WMG, z których największym zarzutem był fakt kierowania przez dyrekcję siecią kolejową nie tylko w tym mieście, lecz na całym Pomorzu, w 1933 władze polskie przeniosły dyrekcję do Torunia, zaś niektóre wydziały do Bydgoszczy, w Gdańsku pozostawiając jedynie podległą bezpośrednio władzom w Warszawie wydzieloną komórkę organizacyjną – Biuro Gdańskie PKP. W latach 1933–1939 funkcjonowało też podległe DOKP w Toruniu, Biuro Portowe PKP w Gdyni.
Budynek Dyrekcji stanowił jedno z najważniejszych centrów życia polskiego w Wolnym Mieście Gdańsku. Swoje biura, poza kolejarzami, miał tu szereg polskich instytucji i stowarzyszeń. Działały też klasztor Sióstr Dominikanek, ochronka (przedszkole) i bibliotekaPierwsze ofiary września. Ożdżyński padł, gdy biegł korytarzem.
W pierwszych dniach września 1939 polski punkt oporu w Dyrekcji Kolejowej zdławiła jednostka SS-Wachsturmbann "Eimann".
Z chwilą wybuchu II wojny światowej w 1939 funkcje zarządzające przejęła nowo utworzona przez Kolej Rzeszy (Deutsche Reichsbahn) Dyrekcja Kolei Rzeszy w Gdańsku (Reichsbahndirektion Danzig – RBD/Rbd Danzig). Terenem jej działania było terytorium Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie (Reichsgau Danzig-Westpreußen).