Rok później nie był już na tyle szybki by zostawić w pokonanym polu wszystkich najlepszych sprinterów świata, lecz za to nabrał większej wytrzymałości i doświadczenia potrzebnego do odnoszenia sukcesów w wyścigach klasycznych. W kwietniu zajął drugie miejsce w rodzimym klasyku Dookoła Flandrii (Ronde van Vlaanderen) za rodakiem Edwigiem Van Hooydonckiem, zaś w sierpniu odniósł swe pierwsze pucharowe zwycięstwo na trasie Mistrzostw Zurychu (Meisterschaft von Zurich). Sezon 1991 zakończył na piątym miejscu w klasyfikacji indywidualnej UCI (w czołowej „10” tego rankingu utrzymywał się do roku 1997 włącznie) i łącznej klasyfikacji Pucharu Świata (w sumie dziewięć razy ukończy ten cykl w czołowej „10” w tym pięć razy na podium).
Początki wielkich sukcesów W następnym roku Museeuw został mistrzem Belgii, ponownie zajął drugie miejsce w klasyfikacji sprinterskiej TdF (tym razem za Francuzem Laurentem Jalabertem), zaś w ramach PŚ finiszował drugi w holenderskim Amstel Gold Race (za Ludwigiem) i trzeci w Mediolan-San Remo (za Irlandczykiem Seanem Kellym i Włochem Morenem Argentinem). Po przejściu do ekipy GB-MG (gdzie w sezonie 1993 był kolegą Zenona Jaskuły) spotkał się z dyrektorem sportowym Patrickiem Lefevre i tak zaczęła się wielce udana blisko 12-letnia współpraca tych dwojga.