Po klęsce Pinocheta w referendum nie kandydował w wyborach prezydenckich w 1989, udzielił jednak poparcia Patricio Aylwinowi i bezskutecznie ubiegał się o fotel senatora z okręgu Santiago Zachód. W 1990 został ministrem edukacji, gdzie zasłużył się działając na rzecz powszechniejszego dostępu do edukacji. W 1994 został ministrem robót publicznych. W 1999 złożył ten urząd, przygotowując się do kampanii prezydenckiej. W grudniu pokonał kandydata prawicy jedynie 30 000 głosów. Z większością 51% głosów został nowym prezydentem Chile. Zaprzysiężenie nastąpiło 11 marca 2000 roku.
Prezydentura Jako prezydent Lagos zdobył dużą popularność społeczną sięgającą 60–70%. Symbolicznym gestem było otwarcie drzwi pałacu La Moneda, zamkniętego dla publiczności od puczu w 1973. Były to jednak czasy napięć w stosunkach z innymi krajami regionu. Podpisano porozumienia o wolnym handlu z Unią Europejską, Stanami Zjednoczonymi, Koreą Południową, Chinami, Nową Zelandią, Brunei i Singapurem. Chile jako ostatni kraj Ameryki Południowej zalegalizowało rozwody (2004), wypłacono odszkodowania ofiarom tortur z czasów rządów Pinocheta. Wprowadzono umiarkowane osłony socjalne i obowiązkową edukacje do 12 roku życia.