Bitwa Lee rozstawił 15 września swe siły pod miasteczkiem Sharpsburg nad brzegiem rzeki Antietam. Pozycja była obronna, ale nie taka, której nie można byłoby zdobyć. Ukształtowanie terenu dawało piechocie świetne (drewniane i kamienne ogrodzenia, wapienne skałki i zagłębienia) stanowiska strzeleckie, ale rzeka przed frontem oddziałów nie stanowiła poważnej przeszkody. Antietam na tym odcinku jest zaledwie 15–30 m szeroka i na tyle płytka, że łatwa do sforsowania zarówno przez kawalerię, jak i piechotę. Na dodatek oba brzegi łączą trzy kamienne mosty – odległe o około 1600 metrów od siebie. Pozycja była nadto niebezpieczna dla obrońców, bowiem na tyłach zajmowanych wówczas przez konfederatów płynie rzeka Potomak, a jedyny bród – dla ewentualnego wycofywania się – leży w miejscowości Shepherdstown (inny bród, w Williamsport w stanie Maryland, użyty przez Jacksona w marszu na Harpers Ferry, znajduje się w odległości 16 km na północ od Sharpsburga).