Po ucieczce i rekonwalescencji stanął na czele Okręgu Krakowskiego, którym dowodził do marca 1941. Ponownie aresztowany i osadzony w więzieniu przy ul. Montelupich, gdzie był torturowany w czasie przesłuchań. Skatowany do nieprzytomności, został omyłkowo uznany za zmarłego i wywieziony do kostnicy, z której zbiegł po odzyskaniu przytomności. W czasie pobytu w więzieniu i podczas ucieczki nabawił się gruźlicy. Ewakuowany do Otwocka, gdzie został ulokowany w prywatnym pensjonacie w pobliżu sanatorium pulmonologicznego. W związku z brakiem możliwości powrotu do Krakowa, został mianowany dowódcą okręgu białostockiego AK. Z powodu ciężkiej choroby nie zdołał objąć nowego stanowiska, został urlopowany i przeniesiony do rezerwy osobowej. 15 sierpnia 1942 został awansowany do stopnia generała brygady na wniosek Komendanta Głównego AK. Na wniosek Ministra Obrony Narodowej, Prezydent RP Andrzej Duda, postanowieniem z dnia 11 lipca 2019 r. mianował go pośmiertnie na stopień generała dywizji..
Przed powstaniem warszawskim powołany do sztabu Komendy Głównej AK, nie dotarł z powodu wkroczenia Armii Czerwonej. Z powodu nabytych chorób rozwinął się u niego rak płuc. Zmarł 14 sierpnia 1945 w Otwocku na skutek krwotoku wywołanego nowotworem i został pochowany na tamtejszym cmentarzu Parafialnym (sektor V-15-353c).